8-14. bycatch_risk_mapper

海洋動物に装着された衛星発信機の位置情報をもとに、追跡が途絶えた地点(追跡途絶点)を可視化します。機器の寿命(バッテリ切れや故障)前に記録が終了した個体の最終記録位置を地図およびKMLで出力することで、混獲などによる死亡リスクの分布を分析する目的で利用できます。

本スクリプトは、以下の処理を行い複数のCSVファイルの追跡情報を要約 (tracking_summary.csv) し、以下のように追跡途絶点を可視化したファイル (lost_signals_map.html, lost_signals.kml) を出力します。

実行方法

使用するPython環境に必要なライブラリ(pandas, folium, geopy, simplekml)をインストールしてください。

pip install pandas folium geopy simplekml

pythonコード(bycatch_risk_mapper.py)とデータ (dataset_seaturtle.zip)* をダウンロードしてください。本ページでは、Biologging Informatic Platform(BiP)で公開されている以下のオープンデータを使用します。データセットは解凍して、任意の作業ディレクトリに保存します。

*Takuya Fukuoka (Atmosphere and Ocean Research Institute, University of Tokyo) 提供の5個体のアカウミガメ(Caretta caretta)の衛星追跡データ

Pythonのプロンプト上でそれらを保存したディレクトリに移動して、以下のコマンドを実行します。

    python bycatch_risk_mapper.py
    

    データフォルダのパス(\dataset_seaturtle)を指定します。各ファイルの以下の情報を算出してCSVファイル (tracking_summary.csv) を出力します。

    ・file_name: ファイル名
    ・start_time: 追跡開始日時 (UTC時刻)
    ・end_time: 追跡終了日時 (UTC時刻)
    ・duration_days: 追跡期間(日)
    ・start_latitude: 追跡開始緯度 (°)
    ・start_longitude: 追跡開始経度 (°)
    ・end_latitude: 追跡終了緯度 (°)
    ・end_longitude: 追跡終了経度 (°)
    ・distance_km: 追跡開始点から終了点までの二点間距離 (km)

    📁 Enter the path to the folder containing CSV files: \dataset_seaturtle
    ✅ Summary CSV saved: \tracking_summary.csv
    

    機器寿命(日数)を指定します。ここでは長めに 360 を入力します。追跡途絶点を地図上に表示するためのファイル (lost_signals_map.html, lost_signals.kml) を出力します。

    📆 Enter the minimum tracking duration (in days): 360
    ✅ Map saved as: \lost_signals_map.html
    ✅ KML file saved as: \lost_signals.kml